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在自然条件下，聚丙烯酰胺会经历缓慢的物理降解(热和剪切)、化学降解(水解、氧化和催化氧化)和生物降解(微生物酶解)。这些降解主要是由于自由基激发引起的链氧化反应，导致聚合物主链断裂，相对分子量降低，水溶液粘度损失。在聚丙烯酰胺稳定性的研究中，发现聚丙烯酰胺在水溶液中同时发生两种化学降解：
(1)水解反应，引起侧基的结构变化，从酰胺基变为羟基；
(2)氧化反应，导致主链断裂，降低聚合物的相对分子量。氧化降解反应的特征是自由基的链式反应，自由基作为过氧化物的活化剂，减少有机杂质和过渡金属离子，产生活性自由基片段，促进聚合物的氧化降解。聚合物中的过氧化物和羰基化合物是聚合物氧化降解和光降解的主要原因。
聚丙烯酰胺干粉完全溶解在水中通常需要40-90分钟，这样分子链才能充分延伸，分子链才能充分延伸发挥更好的效率。
为了加速溶解，我们会使用加热的方法。溶解聚丙烯酰胺干粉的水温高，可以加快溶解速度。水温一般不能超过45。聚丙烯酰胺在温度高于45时会降解，并且随着温度的升高降解越来越快，直至完全失效。溶解聚丙烯酰胺时，搅拌速度也会降解聚丙烯酰胺溶液。聚丙烯酰胺是一种高分子量、长分子链的聚合物。在废水处理中，它主要依靠长分子链结构捕获废水中的大颗粒悬浮固体，聚丙烯酰胺从而形成较大的絮体，加速沉淀。溶解时如果搅拌速度过快，聚丙烯酰胺的长分子链会被切断，影响使用效果。聚丙烯酰胺与铁离子接触后，铁离子中的一些物质会引起聚丙烯酰胺-酰胺基团的破坏，使聚丙烯酰胺的分子分支断裂，阻止其自由延伸。在水处理行业，应用效果会明显下降。因此，在储存、运输、溶解和使用过程中，应尽量减少聚丙烯酰胺与铁离子的长期接触，以避免自然降解、分子量降低和使用效果不佳。
